Page 56 - 《广西植物》2020年第9期

９ 期 王芬等: 基于高通量测序的都匀地区福鼎大白种茶树根茎叶分析 １ ２ ７ １

在干冰中送往北京百迈客生物科技有限公司进行
二代 Ｉｌｌｕｍｉｎａ 高通量测序ꎬ对测序数据进行质量控 ２ 结果与分析
制ꎬ并将二代得到的转录本与已测序的中国种茶
树基因组通过序列比对的方法进行比较ꎮ 然后进 ２.１ 测序数据质量分析
行转录组文库质量评估、ＳＮＰ / ＩｎＤｅｌ 分析、可变剪 从茶苗上分别取福鼎大白的根茎叶作为实验

接事件预测、差异基因分析和差异外显子分析等ꎮ 材料进行转录组测序ꎬ碱基质量值达到 Ｑ３０ 的在
Ｉｌｌｕｍｉｎａ 二代测序数据提交至 ＮＣＢＩ 的 ＳＲＡ 数 ９３.２２％以上ꎬＧＣ 含量为 ４４.５６％ ~ ４５.８５％( 表 １)ꎬ

据库ꎬＢｉｏＰｒｏｊｅｃｔ 的编号为 ＰＲＪＮＡ５６２７４７ꎮ 结果表明转录组文库质量符合分析要求ꎮ

表 １ 样品数据产出统计表
Ｔａｂｌｅ １ Ｏｕｔｐｕｔ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ａｍｏｎｇ ｓａｍｐｌｅｓ

样品 高质量 Ｒｅａｄｓ 数目 数据量 ＧＣ 含量 准确率>０.９９９
Ｓａｍｐｌｅ Ｃｌｅａｎ Ｒｅａｄｓ ｎｕｍｂｅｒ Ｃｌｅａｎ ｂａｓｅｓ ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ (％) Ｑ３０ (％)
叶 １ Ｌｅａｆ １ ２１ ８２８ ５１２ ６ ５０２ ４７９ ５２６ ４５.３６ ９３.６２
叶 ２ Ｌｅａｆ ２ ２８ ４５０ ８３９ ８ ４６７ ４５３ ９３６ ４５.２１ ９４.２２
叶 ３ Ｌｅａｆ ３ ２９ ０５７ ５３１ ８ ６６３ ９８４ ６９８ ４５.１８ ９３.８０
茎 １ Ｓｔｅｍ １ ２１ ２１２ ７６７ ６ ３２６ ７０６ １７２ ４４.７１ ９３.７０
茎 ２ Ｓｔｅｍ ２ ２５ ７６０ ７４３ ７ ６９５ １６９ ９１８ ４５.３５ ９３.６５
茎 ３ Ｓｔｅｍ ３ ２６ ０８０ ６０１ ７ ７４５ ８１０ ８７６ ４４.５６ ９３.７９
根 １ Ｒｏｏｔ １ ２３ ７８９ ９９５ ７ ０７８ ２９５ ５５８ ４５.８５ ９３.２２
根 ２ Ｒｏｏｔ ２ ２９ ３５４ ２０６ ８ ７２８ ８３５ ４１２ ４５.６１ ９３.４８
根 ３ Ｒｏｏｔ ３ ３２ ４９６ ２０５ ９ ６６７ ６９４ ６７４ ４５.７２ ９３.５４

表 ２ 转录组与基因组比对
Ｔａｂｌｅ ２ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｂｌａｓｔ ｔｏ ｇｅｎｏｍｅ
比对到参考 比对到参考 比对到参考 比对到参考
比对到参考基因 基因组唯一位置的 基因组多处的 基因组正链的 基因组负链的
总 Ｃｌｅａｎ Ｒｅａｄｓ
样品 数目 组上的 Ｒｅａｄｓ 数目 Ｒｅａｄｓ 数目 Ｒｅａｄｓ 数目 Ｒｅａｄｓ 数目 Ｒｅａｄｓ 数目
(在 Ｃｌｅａｎ Ｒｅａｄｓ (在 Ｃｌｅａｎ Ｒｅａｄｓ (在 Ｃｌｅａｎｓ Ｒｅａｄｓ (在 Ｃｌｅａｎ Ｒｅａｄｓ (在 Ｃｌｅａｎ Ｒｅａｄｓ
Ｓａｍｐｌｅ Ｔｏｔａｌ Ｃｌｅａｎ
中占的百分比) 中占的百分比) 中占的百分比) 中占的百分比) 中占的百分比)
Ｒｅａｄｓ ｎｕｍｂｅｒ
Ｍａｐｐｅｄ Ｒｅａｄｓ Ｕｎｉｑ Ｍａｐｐｅｄ Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｍａｐｐｅｄ Ｒｅａｄｓ Ｍａｐｐｅｄ Ｒｅａｄｓ Ｍａｐｐｅｄ
Ｒｅａｄｓ Ｒｅａｄｓ ｔｏ ‘ ＋’ ｔｏ ‘ －’
叶 １ ４３ ６５７ ０２４ ３９ ６３２ ６７３ ３７ ３８６ ４８１ ２ ２４６ １９２ １９ ４８１ ８８５ １９ ５８７ ０９６
Ｌｅａｆ １ (９０.７８％) (８５.６４％) (５.１５％) (４４.６２％) (４４.８７％)
叶 ２ ５６ ９０１ ６７８ ５１ ８６１ ４２２ ４８ ９４９ ４２７ ２ ９１１ ９９５ ２５ ４９３ ６１７ ２５ ６０４ ０７７
Ｌｅａｆ ２ (９０.０９％) (８６.０２％) (５.１２％) (４４.８０％) (４５.００％)
叶 ３ ５８ １１５ ０６２ ５２ ３５３ １７７ ４９ ３９１ ５８１ ２ ９６１ ５９６ ２５ ７３３ ３３９ ２５ ８４９ ９３４
Ｌｅａｆ ３ (９０.０９％) (８４.９９％) (５.１０％) (４４.２８％) (４４.４８％)
茎 １ ４２ ４２５ ５３４ ３８ ３５３ ７９６ ３６ ２７５ １１３ ２ ０７８ ６８３ １８ ８０２ ４７１ １８ ９１２ ５０８
Ｓｔｅｍ １ (９０.４０％) (８５.５０％) (４.９０％) (４４.３２％) (４４.５８％)
茎 ２ ５１ ５２１ ４８６ ４６ ９５９ １５６ ４４ ３００ ６４６ ２ ６５８ ５１０ ２２ ９８６ ３０４ ２３ １３８ ７６７
Ｓｔｅｍ ２ (９１.１４％) (８５.９８％) (５.１６％) (４４.６１％) (４４.９１％)
茎 ３ ５２ １６１ ２０２ ４６ ９１７ ７１０ ４４ ２３１ ７０６ ２ ６８６ ００４ ２２ ９６０ ０１８ ２３ １２１ ８２９
Ｓｔｅｍ ３ (８９.９５％) (８４.８０％) (５.１５％) (４４.０２％) (４４.３３％)
根 １ ４７ ５７９ ９９０ ４１ ７８９ １００ ３８ １９４ ９７１ ３ ５９４ １２９ １９ ６９７ ３９４ ２０ ２５３ ０４８
Ｒｏｏｔ １ (８７.８３％) (８０.２８％) (７.５５％) (４１.４０％) (４２.５７％)
根 ２ ５８ ７０８ ４１２ ５２ ８４６ １７４ ４９ ３１８ ３７１ ３ ５２７ ８０３ ２５ ６０５ ３１８ ２５ ８７２ ９８０
Ｒｏｏｔ ２ (９０.０１％) (８４.０１％) (６.０１％) (４３.６１％) (４４.０７％)
根 ３ ６４ ９９２ ４１０ ５８ ３５３ １４９ ５４ ５８５ ７９８ ３ ７６７ ３５１ ２８ ３１２ ４０９ ２８ ５９８ ６９４
Ｒｏｏｔ ３ (８９.７８％) (８３.９９％) (５.８０％) (４３.５６％) (４４.００％)