Page 60 - 《广西植物》2020年第9期

９ 期 王芬等: 基于高通量测序的都匀地区福鼎大白种茶树根茎叶分析 １ ２ ７ ５

２.４ 差异表达分析
２.４. １ 差异表达筛选 利 用 Ｄｅｓｅｑ ( Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ
２０１０) 进行样品间的差异表达分析ꎬ 并且将 Ｆｏｌｄ
Ｃｈａｎｇｅ≥２ꎬＦＤＲ<０.０１ 作为筛选标准ꎬ该文列出了部
分的差异表达基因并且统计了根茎叶两两样品间
的差异基因的数目( 表 ６ꎬ表 ７)ꎮ 从叶和茎、叶和
根、茎和根的差异表达火山图(图 ４)中可以看出ꎬ差

异基因的统计学显著性以及上调基因和下调基因ꎬ
红点代表上调ꎬ绿点代表下调ꎮ 此外ꎬ我们还计算
了三个组织差异表达基因的聚类热图(图 ５)ꎮ
２.４.２ 差异基因功能注释和富集分析 对差异基

因 进 行 ＣＯＧꎬ ＧＯꎬ ＫＥＧＧꎬ ＫＯＧꎬ ＮＲꎬ Ｐｆａｍꎬ
图 ３ ＦＰＫＭ 密度分布对比 Ｓｗｉｓｓ￣Ｐｒｏｔ 和 ｅｇｇＮＯＧ 功能注释( 表 ８)ꎬ并且绘制
Ｆｉｇ. ３ Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ＦＰＫＭ ｄｅｎｓｉｔｙ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ
了叶和茎、 叶和根、 茎和根差异基因的 ＧＯ 功能分

图 ４ 差异表达基因火山图
Ｆｉｇ. ４ Ｖｏｌｃａｎｏ ｐｌｏｔ ｏｆ ＤＥＧｓ

表 ７ 差异表达基因数目
Ｔａｂｌｅ ７ ＤＥＧｓ ｎｕｍｂｅｒ
上调基因数目 下调基因数目
差异基因集 差异基因数目
Ｕｐ￣ｒｅｇｕｌａｔｅｄ Ｄｏｗｎ￣ｒｅｇｕｌａｔｅｄ
ＤＥＧ ｓｅｔ ＤＥＧ ｎｕｍｂｅｒ
ｇｅｎｅ ｎｕｍｂｅｒ ｇｅｎｅ ｎｕｍｂｅｒ
叶 ＶＳ 茎 Ｌｅａｆ ＶＳ Ｓｔｅｍ ５ ５９５ ２ ７６９ ２ ８２６
叶 ＶＳ 根 Ｌｅａｆ ＶＳ Ｒｏｏｔ ９ ６５０ ５ ０５６ ４ ５９４
茎 ＶＳ 根 Ｓｔｅｍ ＶＳ Ｒｏｏｔ ５ ６４４ ２ ９３８ ２ ７０６

类图( 图 ６)ꎮ 应用超几何检验ꎬ对差异表达基因 目ꎬ圆圈 越 大ꎬ表 示 基 因 越 多ꎮ 圆 圈 颜 色 代 表 ｑ
进行 ＫＥＧＧ 通路富集分析ꎬ统计了显著性 ｑ 值最 值ꎬｑ 值越小ꎬ代表差异基因在该通路中的富集性
小的前 ２０ 个通路( 图 ７)ꎬ图中每个圆圈代表一个 越可靠ꎬ所以说该图越靠近右下角的圆圈ꎬ参考价
ｐａｔｈｗａｙ 通路ꎬ圆圈大小代表通路总富集的基因数 值越大ꎮ