Page 58 - 《广西植物》2020年第9期

９ 期 王芬等: 基于高通量测序的都匀地区福鼎大白种茶树根茎叶分析 １ ２ ７ ３

表 ５ 新基因功能注释结果
Ｔａｂｌｅ ５ Ｒｅｓｕｌｔｓ ｏｆ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ｏｆ ｎｅｗ ｇｅｎｅｓ
注释数据库 新基因数目
Ａｎｎｏｔａｔｅｄ ｄａｔａｂａｓｅｓ Ｎｅｗ ｇｅｎｅ ｎｕｍｂｅｒ
ＣＯＧ ２ ３６３
ＧＯ ６ ２１８
ＫＥＧＧ ３ ９４８
ＫＯＧ ５ ８３３
Ｐｆａｍ ５ ３８３
Ｓｗｉｓｓ￣Ｐｒｏｔ ６ ９００
ｅｇｇＮＯＧ ９ ２４３
ＮＲ １０ １０７
总和 Ｔｏｔａｌ １０ ２４４

ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１３) 软件对可变剪接类型和表达量进行
１. 基因间ꎻ ２. 基因内ꎻ ３. 内含子ꎻ ４. 上游ꎻ ５. 下游ꎻ ６. 受 分析ꎬ结果表明在 ９ 个样品中 ５′端和 ３′端外显子
体剪切位点ꎻ ７. 供体剪切位点ꎻ ８. 剪切位点ꎻ ９. 起点缺
失ꎻ １０. 移码ꎻ １１. 密码子缺失ꎻ １２. 密码子插入ꎻ １３. 密码 可变剪切最多(图 ２)ꎮ
子改变和缺失ꎻ １４. 密码子改变和插入ꎻ １５. 同义编码区ꎻ ２.２.４ 基因结构优化 由于处理数据的软件不同
１６. 非同义编码区ꎻ １７. 同义终止区ꎻ １８. 终止区ꎻ １９. 终止
缺失ꎻ ２０. 其他ꎮ 或数据本身的局限性ꎬ本文对中国种茶树基因组
１. Ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃꎻ ２. Ｉｎｔｒａｇｅｎｉｃꎻ ３. Ｉｎｔｒｏｎꎻ ４. Ｕｐｓｔｒｅａｍꎻ ５. Ｄｏｗｎ￣
的 ２６１ 个基因结构进行了优化并列出了部分优化
ｓｔｒｅａｍꎻ ６. Ｓｐｌｉｃｅ ｓｉｔｅ ａｃｃｅｐｔｏｒꎻ ７. Ｓｐｌｉｃｅ ｓｉｔｅ ｄｏｎｏｒꎻ ８. Ｓｐｌｉｃｅ ｓｉｔｅ
ｒｅｇｉｏｎꎻ ９. Ｓｔａｒｔ ｌｏｓｔꎻ １０. Ｆｒａｍｅ ｓｈｉｆｔꎻ １１. Ｃｏｎｄｏｎ ｄｅｌｅｔｉｏｎꎻ
的基因(表 ４)ꎮ
１２. Ｃｏｎｄｏｎ ｉｎｓｅｒｔｉｏｎꎻ １３. Ｃｏｎｄｏｎ ｃｈａｎｇｅ ａｎｄ ｃｏｎｄｏｎ ｄｅｌｅｔｉｏｎꎻ
１４. Ｃｏｎｄｏｎ ｃｈａｎｇｅ ａｎｄ ｃｏｎｄｏｎ ｉｎｓｅｒｔｉｏｎꎻ １５. Ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ ２.３ 新基因
ｃｏｄｉｎｇꎻ １６. Ｎｏｎ ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓꎻ １７. Ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ ｓｔｏｐꎻ １８. Ｓｔｏｐ
ｇａｉｎｅｄꎻ １９. Ｓｔｏｐ ｌｏｓｔꎻ ２０. Ｏｔｈｅｒ. ２.３.１ 新基因功能注释 我们对利用 ＳｔｒｉｎｇＴｉｅ 拼接
出来的转录本与中国种茶树基因组的注释信息进
图 １ ＩｎＤｅｌ 注释分类
Ｆｉｇ. １ ＩｎＤｅｌ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ 行比较ꎬ 发掘出了 １３ ５３１ 个新基因ꎬ 并将它们与

表 ６ 差异表达基因
Ｔａｂｌｅ ６ Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｇｅｎｅｓ (ＤＥＧｓ)

基因 ＩＤ 错误发现率 表达量差异倍数对数值 上调或下调
Ｇｅｎｅ ＩＤ ＦＤＲ ｌｏｇ２ (ＦＣ) Ｒｅｇｕｌａｔｅｄ
ＴＥＡ０００００１.１＿ｇｅｎｅ ０.０００ ９４４ ０９５ ２.０８８ ２３９ ７２１ 上 Ｕｐ
ＴＥＡ００００１４.１＿ｇｅｎｅ １.００Ｅ－１１ －２.１５６ ６０８ ８６２ 下 Ｄｏｗｎ
ＴＥＡ００００１８.１＿ｇｅｎｅ ３.８８Ｅ－３９ －４.２０４ ４７０ ３４４ 下 Ｄｏｗｎ
ＴＥＡ００００２０.１＿ｇｅｎｅ ４.２０Ｅ－２０ －２.８５２ １４４ ５０５ 下 Ｄｏｗｎ

ＴＥＡ００００２５.１＿ｇｅｎｅ ０.０００ ３８８ ７３９ ２.７２９ ４７０ ０９４ 上 Ｕｐ
ＴＥＡ００００２８.１＿ｇｅｎｅ １.０６Ｅ－１０ ７.７１７ ８９９ ０７ 上 Ｕｐ
ＴＥＡ００００４０.１＿ｇｅｎｅ ３.８０Ｅ－０８ ４.１１５ ９０２ ５３４ 上 Ｕｐ
ＴＥＡ００００５３.１＿ｇｅｎｅ １.０２Ｅ－１２ －８.２９１ ８２５ １２３ 下 Ｄｏｗｎ
ＴＥＡ００００５７.１＿ｇｅｎｅ ２.３７Ｅ－１２ １.９１１ ６６３ ８９５ 上 Ｕｐ

Ｓｗｉｓｓ￣Ｐｒｏｔꎬ ＣＯＧꎬ Ｐｆａｍꎬ ＫＥＧＧꎬ ＧＯ 和 ＮＲ 数据库 ２.３.２ 基因表达量 本文通过最大流量算法ꎬ采用
进行 ＢＬＡＳＴꎬ获得新基因的注释信息(表 ５)ꎮ ＦＰＫＭ ( Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ Ｐｅｒ Ｋｉｌｏｂａｓｅ ｏｆ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ ｐｅｒ