Page 57 - 《广西植物》2020年第9期

１ ２ ７ ２ 广 西 植 物 ４０ 卷

表 ３ ＳＮＰ 位点统计表
Ｔａｂｌｅ ３ ＳＮＰ ｌｏｃｉ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ

基因区 基因间区 转换型 ＳＮＰ 颠换型 ＳＮＰ 杂合型 ＳＮＰ
样品 ＳＮＰ 数目
ＳＮＰ 位点数 ＳＮＰ 位点数 Ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ ＳＮＰ Ｔｒａｎｓｖｅｒｓｉｏｎ ＳＮＰ Ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ ＳＮＰ
Ｓａｍｐｌｅ ＳＮＰ ｎｕｍｂｅｒ
Ｇｅｎｉｃ ＳＮＰ Ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ ＳＮＰ (％) (％) (％)
叶 １ Ｌｅａｆ １ ５４０ ７０７ ４２８ ３２７ １１２ ３８０ ６６.０７ ３３.９３ ５１.３８
叶 ２ Ｌｅａｆ ２ ５４１ ８５２ ４１３ ７８６ １２８ ０６６ ６６.２５ ３３.７５ ３４.８６
叶 ３ Ｌｅａｆ ３ ５８３ ００２ ４４８ ３４３ １３４ ６５９ ６６.３３ ３３.６７ ４５.９５
茎 １ Ｓｔｅｍ １ ４８９ ６４２ ３９３ ９４７ ９５ ６９５ ６５.４６ ３４.５４ ４９.６３
茎 ２ Ｓｔｅｍ ２ ５０４ ６７０ ３９４ ４７２ １１０ １９８ ６５.８９ ３４.１１ ３５.８５
茎 ３ Ｓｔｅｍ ３ ６３８ ７０６ ４９６ １９４ １４２ ５１２ ６５.９０ ３４.１０ ５０.７９
根 １ Ｒｏｏｔ １ ５２１ １６６ ４０９ ４１０ １１１ ７５６ ６５.７４ ３４.２６ ５０.９１

根 ２ Ｒｏｏｔ ２ ５２３ ５１５ ３９６ ７０６ １２６ ８０９ ６６.２２ ３３.７８ ３４.７０
根 ３ Ｒｏｏｔ ３ ５８２ ７４７ ４４７ ２６０ １３５ ４８７ ６６.１４ ３３.８６ ４８.５８

表 ４ 优化的基因
Ｔａｂｌｅ ４ Ｇｅｎｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｐｔｉｍｉｚｅｄ
原来注释的第一个 优化后第一个或
优化位置 或最后一个外显子 最后一个外显子
基因 ＩＤ 基因座 正负链
Ｏｐｔｉｍｉｚｅｄ 起止坐标 起止坐标
Ｇｅｎｅ ＩＤ Ｌｏｃｕｓ Ｓｔｒａｎｄ
ｓｉｔｅ Ｏｒｉｇｉｎａｌ ｆｉｒｓｔ ｏｒ Ｏｐｔｉｍｉｚｅｄ ｆｉｒｓｔ ｏｒ
ｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ ｒｅｇｉｏｎ ｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ ｒｅｇｉｏｎ
ＴＥＡ００４４８４.１＿ｇｅｎｅ Ｓｃａｆｆｏｌｄ１０１４:１６３８９７－２３１０３０ ＋ ５′ ２０５５３６－２０５５３６ １６３８９７－２０５５３６
ＴＥＡ０００９７３.１＿ｇｅｎｅ Ｓｃａｆｆｏｌｄ１０１９:１３５０８８７－１３７１６７５ ＋ ３′ １３７１２７７－１３７１２７７ １３７１２７７－１３７１６７５
ＴＥＡ０１６７０８.１＿ｇｅｎｅ Ｓｃａｆｆｏｌｄ１０４５:１４３４９５４－１４５５９０６ ＋ ５′ １４３５２４０－１４３５２４０ １４３４９５４－１４３５２４０
ＴＥＡ００４０５１.１＿ｇｅｎｅ Ｓｃａｆｆｏｌｄ１０５４:３０３９０５－３０８５４２ ＋ ３′ ３０８３１８－３０８３１８ ３０８３１８－３０８５４２
ＴＥＡ０００１７１.１＿ｇｅｎｅ Ｓｃａｆｆｏｌｄ１０５８:１１２２４１－１２９６２９ － ５′ １２９５３４－１２９５３４ １２９５３４－１２９６２９
ＴＥＡ００７１４０.１＿ｇｅｎｅ Ｓｃａｆｆｏｌｄ１０６７:１２２６７５－１５６０２５ － ３′ １２３８７８－１２３８７８ １２２６７５－１２３８７８
ＴＥＡ０２００９２.１＿ｇｅｎｅ Ｓｃａｆｆｏｌｄ１０９３:６３５４８９－６４０７２９ ＋ ３′ ６４０６０７－６４０６０７ ６４０６０７－６４０７２９
ＴＥＡ０２００９４.１＿ｇｅｎｅ Ｓｃａｆｆｏｌｄ１０９３:５３２３３７－５４９４５７ － ５′ ５４９３９７－５４９３９７ ５４９３９７－５４９４５７

ＴＥＡ０２００９８.１＿ｇｅｎｅ Ｓｃａｆｆｏｌｄ１０９３:１１６２３１７－１１９１２５８ － ３′ １１６２５１５－１１６２５１５ １１６２３１７－１１６２５１５
ＴＥＡ００１０５５.１＿ｇｅｎｅ Ｓｃａｆｆｏｌｄ１０９９:８４８０４０－８７０２５２ － ３′ ８４８１４２－８４８１４２ ８４８０４０－８４８１４２

２.２ 转录组与中国种茶树基因组比对 ａｌ.ꎬ ２０１０)软件对 Ｈｉｓａｔ２ 比对结果中的 ＳＮＰ 位点

２.２.１ 比对效率 本研究利用 Ｈｉｓａｔ２( Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ.ꎬ 和 ＩｎＤｅｌ 进行识别ꎬ进而分析基因表达水平和基因
２０１５)对测 序 数 据 与 中 国 种 茶 树 基 因 组 ( Ｗｅｉ ｅｔ 功能ꎬＳＮＰ 分析表明基因区 ＳＮＰ 位点数多于基因
ａｌ.ꎬ ２０１８) 进行比对ꎬ利用 ＳｔｒｉｎｇＴｉｅ( Ｐｅｒｔｅａ ｅｔ ａｌ.ꎬ 间区ꎬ转换型 ＳＮＰ 多于颠换型 ＳＮＰ( 表 ３)ꎮ ＩｎＤｅｌ
２０１５)对比对上的 Ｒｅａｄｓ 进行组装和定量ꎬ比对到 主要存在于内含子区和基因间区(图 １)ꎮ
参考基因组上的 Ｒｅａｄｓ 占 Ｃｌｅａｎ Ｒｅａｄｓ 的百分比为 ２.２.３ 可 变 剪 接 预 测 基 因 通 过 转 录 生 成 前 体
ｍＲＮＡꎬ再 经 过 不 同 的 剪 接ꎬ 产 生 不 同 的 成 熟
８７.８３％ ~ ９１.１４％(表 ２)ꎮ
２.２. ２ ＳＮＰ / ＩｎＤｅｌ 分 析 利 用 ＧＡＴＫ ( Ｍｃｋｅｎｎａ ｅｔ ｍＲＮＡꎬ翻译为不同的蛋白质ꎮ 利用 Ａｓｐｒｏｆｉｌ(Ｆｌｏｒｅａ