Page 73 - 《广西植物》2020年第9期

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Ｇｕｉｈａｉａ Ｓｅｐｔ. ２０２０ꎬ ４０(９): １２８８－１２９９

ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０１９０９０１２
涂冬萍ꎬ 王柳萍ꎬ 赵立春ꎬ 等. 牛大力淀粉酶基因家族的生物信息学分析 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ２０２０ꎬ ４０(９): １２８８－１２９９.
ＴＵ ＤＰꎬ ＷＡＮＧ ＬＰꎬ ＺＨＡＯ ＬＣꎬ ｅｔ ａｌ. Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ａｍｙｌａｓｅ ｇｅｎｅ ｆａｍｉｌｙ ｏｆ Ｍｉｌｌｅｔｔｉａ ｓｐｅｃｉｏｓａ [ Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ２０２０ꎬ ４０(９):
１２８８－１２９９.

牛大力淀粉酶基因家族的生物信息学分析

涂冬萍 １ꎬ２ꎬ３ ꎬ 王柳萍 ꎬ 赵立春 １ꎬ２ ꎬ 黄志其 ꎬ 翟勇进 ꎬ 白隆华 ꎬ 莫长明 ５∗
１
４
４
１
( １. 广西中医药大学ꎬ 南宁 ５３０２００ꎻ ２. 广西壮瑶药工程技术中心ꎬ 南宁 ５３０２００ꎻ ３. 广西中医药大学 农作物废弃物功能成分研究协同
创新中心ꎬ 南宁 ５３００２３ꎻ ４. 广西药用植物园ꎬ 南宁 ５３００２３ꎻ ５. 广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室ꎬ 南宁 ５３０００７ )
摘 要: 该文基于不膨大和膨大的牛大力根的转录组测序结果ꎬ采用生物信息学技术对筛选到的 ２８ 个牛
大力淀粉酶基因进行分析ꎮ 结果表明:２８ 个牛大力淀粉酶相关蛋白基因编码的氨基酸序列分子量为
２０.７８~ ３４９.３９ ＫＤａꎻ均为酸性蛋白部分ꎻ部分亚细胞定位在叶绿体ꎻ具有 ＰＬＮ０２７８４ ｓｕｐｅｒ ｆａｍｉｌｙ、ＡｍｙＡｃ￣
ｆａｍｉｌｙ ｓｕｐｅｒ ｆａｍｉｌｙ 结构域ꎻ二级结构中除 ＭｓＡｍ１、ＭｓＡｍ７、ＭｓＡｍ８、ＭｓＡｍ１５、ＭｓＡｍ１６、ＭｓＡｍ２２、ＭｓＡｍ２３、
ＭｓＡｍ２８ 中 α 螺旋占比最大外ꎬ无规则卷曲的比例最大ꎻ三级结构预测具有 α 淀粉酶结构、β 淀粉酶结构、
异淀粉酶结构等ꎻ淀粉酶基因家族共有 ８６ 个作用元件ꎬＭｓＡｍ９ 的作用元件最多(４２ 个)ꎻ系统发育树表明
ＭｓＡｍ１５、ＭｓＡｍ１６ 归于 １ 类ꎬ且均具有 ｍｏｔｉｆ ２、ｍｏｔｉｆ ３、ｍｏｔｉｆ ７ꎬＭｓＡｍ４、ＭｓＡｍ２４、ＭｓＡｍ２６ 归于 １ 类ꎬ与拟南
芥淀粉酶进行比对ꎬＡｔＢＭ４ 和 ＭｓＡｍ６ 归为一类ꎬＡｔＡＭ２ 和 ＭｓＡｍ２ 归为一类ꎬＡｔＢＭ８ 和 ＭｓＡｍ５ 归为一类ꎬ
ＡｔＢＭ４ 和 ＭｓＡｍ６ 归为一类ꎬＡｔＡＭ１０ 和 ＭｓＡｍ２２ 归为一类ꎬＡｔＩＭ３ 和 ＭｓＡｍ１７ 归为一类ꎮ 这些分析结果可为
今后深入研究 ２８ 个牛大力淀粉酶的生物学功能和调控机制提供一定的理论依据ꎬ为牛大力根部膨大的研
究及品种的改良提供参考ꎮ
关键词: 牛大力ꎬ 转录组ꎬ 淀粉酶基因家族ꎬ 理化特性
中图分类号: Ｑ９４９ 文献标识码: Ａ
文章编号: １０００￣３１４２(２０２０)０９￣１２８８￣１２ 开放科学(资源服务)标识码(ＯＳＩＤ):

Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ａｍｙｌａｓｅ ｇｅｎｅ
ｆａｍｉｌｙ ｏｆ Ｍｉｌｌｅｔｔｉａ ｓｐｅｃｉｏｓａ

１ꎬ ２ꎬ３ １ １ꎬ２ １
ＴＵ Ｄｏｎｇｐｉｎｇ ꎬ ＷＡＮＧ Ｌｉｕｐｉｎｇ ꎬ ＺＨＡＯ Ｌｉｃｈｕｎ ꎬ ＨＵＡＮＧ Ｚｈｉｑｉ ꎬ
４ ４ ５∗
ＺＨＡＩ Ｙｏｎｇｊｉｎ ꎬ ＢＡＩ Ｌｏｎｇｈｕａ ꎬ ＭＯ Ｃｈａｎｇｍｉｎｇ

收稿日期: ２０１９－１２－２７
基金项目: 广西自然科学基金项目(２０１７ＧＸＮＳＦＢＡ１９８０９４)ꎻ广西教育厅中青年教师基础能力提升项目(２０１７ＫＹ４９５)ꎻ广西中医药大
学校级科研项目(２０１６ＱＮ０１３)ꎻ杨世林教授团队人才培养建设项目(ＹＳＬ１７０２６)ꎻ广西中医药大学中药学优势学科建设专项课题ꎻ广
西农作物废弃物功能成分研究协同创新中心项目 ( ＣＩＣＡＲ ２０１６￣Ｐ４)ꎻ广西农业科学院科技发展基金项目 ( 桂农科 ２０１８ＪＺ３)
[Ｓｕｐｐｏｒｔｅｄ ｂｙ Ｐｒｏｇｒａｍ ｏｆ Ｇｕａｎｇｘｉ Ｎａｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ(２０１７ＧＸＮＳＦＢＡ１９８０９４)ꎻ Ｐｒｏｇｒａｍ ｏｆ Ｐｒｏｍｏｔｉｎｇ Ｂａｓｉｃ Ａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ Ｙｏｕｎｇ ａｎｄ
Ｍｉｄｄｌｅ￣ａｇｅｄ Ｔｅａｃｈｅｒｓ ｏｆ Ｇｕａｎｇｘｉ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ (２０１７ＫＹ４９５)ꎻＰｒｏｇｒａｍ ｏｆ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ￣ｌｅｖｅｌ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｏｆ Ｇｕａｎｇｘｉ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ
ｏｆ Ｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ( ２０１６ＱＮ０１３)ꎻ Ｐｒｏｇｒａｍ ｏｆ Ｔｅａｍ Ｔａｌｅｎｔ Ｔｒａｉｎｉｎｇ ｏｆ Ｐｒｏｆｅｓｓｏｒ Ｙａｎｇ Ｓｈｉｌｉｎ ( ＹＳＬ１７０２６)ꎻ Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ
Ｓｐｅｃｉａｌｉｔｙ ｏｆ Ａｄｖａｎｔａｇｅ Ｄｉｓｃｉｐｌｉｎｅ ｏｆ Ｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ｏｆ Ｇｕａｎｇｘｉ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｐｒｏｊｅｃｔꎻ Ｐｒｏｇｒａｍ ｏｆ
ｔｈｅ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ ｏｆ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｏｎ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ ｏｆ Ｃｒｏｐ Ｗａｓｔｅ ｉｎ Ｇｕａｎｇｘｉ(ＣＩＣＡＲ ２０１６￣Ｐ４)ꎻＰｒｏｇｒａｍ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ
ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ Ｆｕｎｄ ｏｆ Ｇｕａｎｇｘｉ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ(Ｇｕｉｋｅｎｏｎｇ ２０１８ＪＺ３)]ꎮ
作者简介: 涂冬萍(１９８６－)ꎬ女ꎬ广西桂林人ꎬ博士ꎬ讲师ꎬ从事中药、民族药的品质研究ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ) ｆａｉｒｙｔｄｐ＠ １６３.ｃｏｍꎮ
∗
通信作者: 莫长明ꎬ博士ꎬ副研究员ꎬ研究方向为分子育种ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)３０９２５８５１９＠ ｑｑ.ｃｏｍꎮ