Page 137 - 《广西植物》2023年第2期

２ 期 李辉等: 基于转录组测序的枫香 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 引物开发及有效性评价 ３ ３ １

表 ２ 枫香转录组中 ＳＳＲ 重复单元的分布特征 物能够有效扩增ꎬ有效扩增率为 ５３.１％ꎬ所设计的不
Ｔａｂｌｅ ２ Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ＳＳＲ ｒｅｐｅａｔ ｍｏｔｉｆｓ ｉｎ 同核苷酸重复类型的引物有效扩增率基本相同ꎮ
Ｌｉｑｕｉｄａｍｂａｒ ｆｏｒｍｏｓａｎａ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ
因此认为ꎬ本研究所设计合成的各核苷酸重复类型
核苷酸重复类型 ＳＳＲ 比例 引物在枫香群体具有一定的适用性ꎮ
数量 Ｐｅｒｃｅｎ￣ 主要重复基元 (数目)
Ｔｙｐｅ ｏｆ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
Ｎｏ. ｏｆ ｔａｇｅ Ｍａｉｎ ｒｅｐｅａｔ ｍｏｔｉｆ (Ｎｏ.)
ｒｅｐｅａｔ
ＳＳＲ (％) 表 ４ 枫香 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 引物扩增结果
单核苷酸 １１ ０６７ ５４ Ｔ / Ａ (７ ３９４) Ｔａｂｌｅ ４ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｒｅｓｕｌｔｓ ｏｆ ＥＳＴ￣ＳＳＲ
Ｍｏｎｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ａ / Ｔ (２ ７６６)
ｐｒｉｍｅｒｓ ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄａｍｂａｒ ｆｏｒｍｏｓａｎａ
二核苷酸 ７ ８７１ １０ ＣＴ / ＡＧ (１ ９４４)
Ｄｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＴＣ / ＧＡ (１ ８６７) 引物对数目 有效引物数目
ＳＳＲ 核心类型
ＡＧ / ＣＴ (１ １６２) Ｎｏ. ｏｆ ｐｒｉｍｅｒ Ｎｏ. ｏｆ
Ｔｙｐｅ ｏｆ ＳＳＲ ｃｏｒｅ
ｐａｉｒｓ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ｐｒｉｍｅｒｓ
三核苷酸 ４ ２３２ ８０ ＣＡＧ / ＣＴＧ (２６１)
Ｔｒｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＧＡＡ / ＴＴＣ (２１５) 二核苷酸 １０ ５ (５０.０％)
ＴＣＴ / ＡＧＡ (１７６) Ｄｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
ＧＣＡ / ＴＧＣ (１７５)
三核苷酸 １４６ ７８ (５３.４％)
四核苷酸 ２７９ １７ ＴＴＴＡ / ＴＡＡＡ (４８) Ｔｒｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
Ｔｅｔｒａｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＡＴＴＴ / ＡＡＡＴ (２７) 四核苷酸 ７６ ４０ (５３.６％)
Ｔｅｔｒａｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
五核苷酸 １１６ ４９ ＣＴＴＴＴ / ＡＡＡＡＧ (１０)
五核苷酸 ３０ １６ (５３.３％)
Ｐｅｎｔａｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＴＴＣＴＧ / ＣＡＧＡＡ (９)
Ｐｅｎｔａｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
ＴＣＴＣＴ / ＡＧＡＧＡ (９)
总计 Ｔｏｔａｌ ２６２ １３９ (５３.１％)
六核苷酸 ２１２ ８８ ＡＣＣＡＧＣ / ＧＣＴＧＧＴ(１０)
Ｈｅｘａｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＡＴＧＧＧＴ / ＡＣＣＣＡＴ (９)
ＴＣＧＣＴＣ / ＧＡＧＣＧＡ(９)
２.３ 枫香 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 引物多态性分析结果
总数 Ｔｏｔａｌ ２３ ７７７
在筛选出的 １３９ 对有效性引物中ꎬ能够扩增
出多 态 性 条 带 的 引 物 有 ４１ 对ꎬ 多 态 性 比 率 为
表 ３ ＳＳＲ 重复次数
１５.６４％ꎬ说明枫香 ＳＳＲ 序列的保守性相对较强ꎮ
Ｔａｂｌｅ ３ ＳＳＲ ｒｅｐｅｔｉｔｉｏｎｓ
选取其中 １８ 对扩增稳定、条带清晰、有多态性的
重复 ５~８ 次 ９~１２ 次 １３~１６ 次 １７~２０ 次 ２１~２４ 次 >２４ 次
次数 引物( 表 ５)ꎬ对抽取的 ２４ 个样本( Ｂ１ －Ｂ２４) ＤＮＡ
５－８ ９－１２ １３－１６ １７－２０ ２１－２４ >２４
Ｒｅｐｅｔｉｔｉｏｎ
ｔｉｍｅｓ ｔｉｍｅｓ ｔｉｍｅｓ ｔｉｍｅｓ ｔｉｍｅｓ ｔｉｍｅｓ 进行多态性检测ꎬ并用 Ｐｏｐｇｅｎｅ ３２ 软件进行分析ꎮ
ｔｉｍｅｓ
多态性分析结果显示ꎬ１８ 个位点的观测等位
数量 ８ ７８７ ８ ４１７ ３ ９３４ １ ８３０ ５９８ ２１０
Ｎｕｍｂｅｒ 基因数量(Ｎａ)介于 ２ ~ ５ 之间ꎬ平均值为 ３ꎻＰＩＣ 值
比例 ９６ ４０ ５５ ７０ ５２ ８９ 介于 ０. ３０ ~ ０. ７２ 之 间ꎬ 其 中 １０ 个 位 点 的 ＰＩＣ >
Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ (％)
０.５０ꎬ具 有 高 度 多 态 性ꎬ 其 余 ８ 个 位 点 的 ＰＩＣ >
０.２５ꎬ具有中度多态性ꎬ不存在低多态性位点ꎮ 所
２１~２４ 次的 ＳＳＲ 位点数量分别为 ３ ９３４ 个(１６.５５％)、 筛选出的 １８ 对枫香 ＳＳＲ 引物具有较高的多态性ꎮ
１ ８３０ 个(７.７０％) 和 ５９８ 个(２.５２％)ꎻ重复次数大于 ２.４ 枫香天然群体 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 遗传分析有效性评价
２４ 次的最少ꎬ共有 ２１１ 个ꎬ仅占 ＳＳＲ 位点总数的 用这 １８ 对引物对一个枫香天然群体的 ３０ 个
０.８９％ꎮ 在所有的重复次数当中ꎬ１０ 次重复所占比 样本(Ｃ１－Ｃ３０)ＤＮＡ 进行遗传多样性分析ꎬ扩增结
例最大ꎬ有 ３ ５７０ 个ꎬ占 ＳＳＲ 位点总数的１５.０１％ꎻ稍 果(表 ６)显示ꎬ１８ 个位点共扩增出 ４２ 个等位基因
次之的是 ６ 次重复ꎬ共有 ３ ２２０ 个ꎬ占 ＳＳＲ 位点总数 数ꎬ观测 等 位 基 因 数 介 于 ２ ~ ４ 之 间ꎬ 平 均 值 为
的 １３.５４％ꎮ ＳＳＲ 位点的多态性由 ＤＮＡ 复制过程中 ２.３３３ ３ꎻ有效等位基因数(Ｎｅ)介于 １.１１２ ８~２.６０９ ６
的滑动错配产生ꎬＳＳＲ 的重复次数越多ꎬ该位点的多 之间ꎬ平均值为 １.９５７ ４ꎻＳｈａｎｎｏｎ 多样性指数(Ｉ) 介

态性往往越高ꎬ枫香 ＳＳＲ 重复次数以 ５ ~ ８ 次为主ꎬ 于 ０.２０８ ９~１.１１２ ７ 之间ꎬ平均值为０.７０８ ５ꎻ观测杂
基本满足设计开发 ＳＳＲ 引物的要求ꎮ 合度(Ｈｏ) 介于 ０. ２７５ ９ ~ １. ０００ ０ 之间ꎬ平均值为
２.２ 枫香 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 引物有效性筛选 ０.７２２ ６ꎻ期望杂合度(Ｈｅ) 介于 ０.３７０ ６ ~ ０.８９６ ８ 之
如表 ４ 所示ꎬ用 ８ 个枫香样本(Ａ１－Ａ８)ＤＮＡ 对 间ꎬ平均值为 ０.５２２ ８ꎮ 这表明所开发的 １８ 对 ＳＳＲ
２６２ 对引物进行简捷有效地初次筛选ꎬ有 １３９ 对引 引物可用于枫香群体遗传多样性评价ꎮ