Page 134 - 《广西植物》2023年第2期

３ ２ ８ 广 西 植 物 ４３ 卷
ｔｈｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ. Ｐｒｉｍｅｒｓ ｗｅｒｅ ｄｅｖｅｌｏｐｅｄꎬ ａｎｄ ｓｃｒｅｅｎｅｄ ｏｕｔ ｂｙ ＰＣＲ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｏｌｙａｃｒｙｌａｍｉｄｅ ｇｅｌ
ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ ｆｏｒ ｈｉｇｈ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍꎬ ａｎｄ ｔｈｅ ｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙ ｗａｓ ｔｅｓｔｅｄ ｂｙ ｕｓｉｎｇ ３０ ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ ｆｒｏｍ ａ ｗｉｌｄ Ｌ. ｆｏｒｍｏｓａｎａ
ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｔｏ ｖｅｒｉｆｙ ｔｈｅ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅｓｅ ＳＳＲ ｐｒｉｍｅｒｓ. Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｗｅｒｅ ａｓ ｆｏｌｌｏｗｓ: (１) Ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ ２３ ７７７
ＳＳＲ ｌｏｃｉ ｗｅｒｅ ｏｂｔａｉｎｅｄ ｂｙ ｓｅａｒｃｈｉｎｇ ＳＳＲ Ｕｎｉｇｅｎｅｓ ｆｒｏｍ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｄａｔａ. Ｔｈｅ ｒｅｐｅａｔ ｔｙｐｅ ｏｆ ｔｈｅ ＳＳＲ ｌｏｃｉ ｉｎ Ｌ.
ｆｏｒｍｏｓａｎａ ｗａｓ ｄｏｍｉｎａｔｅｄ ｂｙ ｍｏｎｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｒｅｐｅａｔ ｔｙｐｅ (４６.５４％). Ｔｈｅ ｈｉｇｈｅｓｔ ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ ｏｆ ＳＳＲ ｌｏｃｉ (７２.３６％) ｗａｓ
ｂｅｔｗｅｅｎ ５ ａｎｄ １２ ｔｉｍｅｓ. (２) Ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ ２６２ ｐａｉｒｓ ｏｆ ＳＳＲ ｐｒｉｍｅｒｓ ｗｅｒｅ ｄｅｖｅｌｏｐｅｄꎬ ａｎｄ ａｍｏｎｇ ｔｈｅｍꎬ １３９ ｐａｉｒｓ ｏｆ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ
ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｗｉｔｈ ａ ｓｕｃｃｅｓｓ ｒａｔｅ ｏｆ ５３.１％ꎬ ａｎｄ １８ ｐａｉｒｓ ｏｆ ｔｈｅｍ ｔｈａｔ ｃｏｕｌｄ ｂｅ ｕｓｅｄ ｔｏ ｓｔｅａｄｉｌｙ ｏｂｔａｉｎ ｃｌｅａｒ ｂａｎｄｓ ｗｅｒｅ
ｆｉｎａｌｌｙ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ. (３) Ｔｈｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ａｌｌ ｓｉｔｅｓ ｈａｄ ａ ｈｉｇｈ ｄｅｇｒｅｅ ｏｆ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ. Ｔｈｅ ｎｕｍｂｅｒ
ｏｆ ａｌｌｅｌｅｓ (Ｎａ)ꎬ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ａｌｌｅｌｅｓ ( Ｎｅ)ꎬ Ｓｈａｎｎｏｎ’ ｓ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｉｎｄｅｘ ( Ｉ)ꎬ ｏｂｓｅｒｖｅｄ ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ ( Ｈｏ) ｏｆ ｔｈｅ Ｌ.

ｆｏｒｍｏｓａｎａ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｒａｎｇｅｄ ｉｎ ２－４ꎬ １.１１２ ８－２.６０９ ６ꎬ ０.２０８ ９－１.１１２ ７ ａｎｄ ０.２７５ ９－１.０００ ０ꎬ ｔｈｅ ａｖｅｒａｇｅ ｖａｌｕｅｓ ｗｅｒｅ
２.３３３ ３ꎬ １.９５７ ４ꎬ ０.７０８ ５ ａｎｄ ０.７２２ ６ꎬ ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ. Ｉｎ ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎꎬ ｔｈｅ ｄｏｍｉｎａｎｔ ＳＳＲ ｒｅｐｅａｔ ｔｙｐｅ ａｎｄ ｒｅｐｅａｔ ｍｏｔｉｆ ｉｎ
Ｌ. ｆｏｒｍｏｓａｎａ ａｒｅ ｂａｓｉｃａｌｌｙ ｔｈｅ ｓａｍｅ ａｓ ｔｈｏｓｅ ｉｎ ｏｔｈｅｒ ｓｐｅｃｉｅｓꎬ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ １８ ｐａｉｒｓ ｏｆ ＥＳＴ￣ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒｓ ｃａｎ ｍｅｅｔ ｔｈｅ
ｎｅｅｄｓ ｏｆ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｔｕｄｉｅｓ ｏｆ Ｌ. ｆｏｒｍｏｓａｎａꎬ ｗｈｉｃｈ ｐｒｏｖｉｄｅｓ ａｂｕｎｄａｎｔ ｐｒｉｍｅｒｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｓｔｕｄｙ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ
Ｌ. ｆｏｒｍｏｓａｎａ. Ｉｔ ｉｓ ｏｆ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ ｔｏ ｔｈｅ ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎꎬ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ａｎｄ ｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｌ. ｆｏｒｍｏｓａｎａ.
Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ: Ｌｉｑｕｉｄａｍｂａｒ ｆｏｒｍｏｓａｎａꎬ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅꎬ ＳＳＲ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍａｒｋｅｒｓꎬ ｐｒｉｍｅｒ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔꎬ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ

枫 香 ( Ｌｉｑｕｉｄａｍｂａｒ ｆｏｒｍｏｓａｎａ) 是 金 缕 梅 科 于物种遗传多样性分析、遗传连锁图谱的构建( 张
(Ｈａｍａｍｅｌｉｄａｃｅａｅ) 枫香树属( Ｌｉｑｕｉｄａｍｂａｒ Ｌ.) 的彩 利达和唐克轩ꎬ２０１０)、基因定位和分子标记辅助
叶落叶乔木ꎬ主要分布于秦岭淮河一线以南ꎬ广西 育种等研究(杨雄等ꎬ２０２１)ꎬ被视为检测群体遗传
全境都有分布ꎮ 叶片春夏呈青绿色ꎬ秋季呈深红 多样性和群体间遗传分化最有效标记之一ꎮ 按其
色ꎬ具有较高的观赏价值ꎮ 枫香作为我国传统的 来源可分为基因组 ＳＳＲ (Ｇ￣ＳＳＲ) 和基于表达序列
药用植物ꎬ其树皮可用于通经活络ꎬ果子对于消化 标签 ( ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｔａｇꎬ ＥＳＴ) 的 ＳＳＲ 两 类ꎮ
不良等病症有明显的作用ꎬ叶片有清热解毒的功 其中ꎬＧ￣ＳＳＲ 标记基于基因组序列ꎬ其开发过程繁
效ꎬ更是广西壮族“ 三月三” 传统节日中制作五色 琐复杂、成本高、效率低ꎻ而 ＥＳＴ￣ＳＳＲ 标记基于表
米饭不可或缺的重要材料ꎮ 此外ꎬ枫香具有较高 达序列标签ꎬ除具有 Ｇ￣ＳＳＲ 标记的优点外ꎬ还具有
的用材价值ꎬ可用于制作家具或建材ꎻ还具有维护 序列保守性较高、在植物同属不同物种间有较好
地力的重要价值( 范绍斌等ꎬ２０２１)ꎬ其适应力强、 通用性的优点(王丹丹和杨东霞ꎬ２０１７)ꎮ
耐贫瘠ꎬ对于一些有毒气体如 Ｃｌ 、ＳＯ 有较强的抗 枫香作为我国重要的乡土树种ꎬ国内主要开
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性(赖玖鑫ꎬ２０２０)ꎬ常作为生态结构、林种结构调 展了生理性质分析(尹国平等ꎬ２０２１)、人工林培育
整的重要树种ꎬ具有较高的研究价值ꎮ (韦理电等ꎬ２０１６) 及新品种( 王建军等ꎬ２０１５) 认
近年来ꎬ转录组测序(ＲＮＡ￣ｓｅｑ) 技术被广泛应 定等研究ꎮ 然而ꎬ在枫香群体遗传学方面的相关
用到分子生物学领域ꎬ逐渐成为分子生物学研究 研究报道较少ꎬ其原因主要是缺乏足够的分子标
中最常用的技术(易浪波等ꎬ２０１７)ꎬ基于转录组测 记ꎬ以往对枫香遗传多样性的研究主要采用显性
序技术能够快速有效地获得基因序列ꎬ并从整体 分子标记ꎬ如黄敏等(２０２１) 探索了最适的枫香叶

上揭示特定阶段物种基因功能及结构( 刘佳奇等ꎬ 片 ＤＮＡ 的提取方法ꎬ最优 ＩＳＳＲ 引物和最佳 ＩＳＳＲ￣
２０２０)ꎻ通过对转录组测序数据进行挖掘分析ꎬ可 ＰＣＲ 扩增反应体系ꎻ毕则鑫等(２０１０) 通过 ＩＳＳＲ 分
以得到 ＳＳＲ 位点分布特征ꎬ从而为后期 ＳＳＲ 引物 子标记技术分析了枫香自然群体遗传多样性ꎻ李
的筛选和设计提供数据参考( 叶鹏等ꎬ２０１９)ꎮ 简 芳芳(２０１５) 优化了 ＤＮＡ 提取及 ＳＲＡＰ￣ＰＣＲ 反应
单重复序列( ｓｉｍｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｅａｔｓꎬＳＳＲ) 又称为 体系的方法等ꎮ 相比较而言ꎬＳＳＲ 分子标记可揭
微卫星 ＤＮＡꎬ指由 １ ~ ６ 个核苷酸为重复单元串联 示的遗传信息相对较高ꎬ明显优于其他传统分子
组成的长达几十个核苷酸的重复序列ꎮ ＳＳＲ 在真 标记(刘粉粉等ꎬ２０２１)ꎬ而当前关于枫香 ＳＳＲ 引物
核生物整个基因组内都有存在ꎬ具有数量丰富、多 开发的报道相对较少ꎮ 前人的研究主要采用磁珠
态性高、重复性好、特异性强的优点ꎬ被广泛应用 富集法(顾辛韵ꎬ２０１６)和从 ＮＣＢＩ 获取数据的方法