Page 139 - 《广西植物》2023年第2期

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２期李辉等: 基于转录组测序的枫香ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物开发及有效性评价３３３

表６１８个位点的遗传多样性
Ｔａｂｌｅ６Ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆｔｈｅ１８ｌｏｃｉ
Ｎｅｉ’ｓ基因
等位基因数有效等位基因数Ｓｈａｎｎｏｎ多样性指数观测杂合度期望杂合度
位点ＮｕｍｂｅｒｏｆＮｕｍｂｅｒｏｆＳｈａｎｎｏｎ’ｓ多样性指数ＯｂｓｅｒｖｅｄＥｘｐｅｃｔｅｄ
Ｎｅｉ’ｓｇｅｎｅ
Ｌｏｃｕｓａｌｌｅｌｅｓｅｆｆｅｃｔｉｖｅａｌｌｅｌｅｓｄｉｖｅｒｓｉｔｙｉｎｄｅｘｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ
ｄｉｖｅｒｓｉｔｙｉｎｄｅｘ
(Ｎａ) (Ｎｅ) (Ｉ) (Ｈｏ) (Ｈｅ)
(Ｈ)
ＬＦ５３２１.９９７６０.６９２６０.４９９４０.８６２１０.４９１８
ＬＦ７６３２.１６６４０.９１４１０.５３８４０.８８０００.４５０６
ＬＦ８９４２.６０９６１.１１２７０.６１６８０.８００００.３７０６
ＬＦ１０８２１.７７３８０.６２７９０.４３６２０.７１４３０.５５５８
ＬＦ１１１３２.１７９４０.８９４３０.５４１２０.５５５６０.４４８６
ＬＦ１１２３２.４５３７０.９６７４０.５９２５０.７３０８０.３９５９
ＬＦ１２８２１.９８９８０.６９０６０.４９７４０.９２８６０.４９３５
ＬＦ１２９２１.１１２８０.２０８９０.１０１４０.９６４３０.８９６８
ＬＦ１７１３２.１７９４０.８７８９０.５４１２０.５９２６０.４４８６
ＬＦ１７７２１.９９６８０.６９２３０.４９９２０.６８０００.４９０６
ＬＦ１８８２１.９９０５０.６９０８０.４９７６０.２７５９０.４９３６
ＬＦ１９０２１.９９７５０.６９２５０.４９９４０.３９２９０.４９１６
ＬＦ２０６２１.９９７３０.６９２５０.４９９３０.９２５９０.４９１３
ＬＦ２２４２１.３３７６０.４１９５０.２５２４０.７７７８０.７４２８
ＬＦ２２９２１.９９７３０.６９２５０.４９９３０.４０７４０.４９１３
ＬＦ２４２２１.９７５６０.６８７００.４９３８１.０００００.４９６９
ＬＦ２４５２１.９９７３０.６９２５０.４９９３０.７７７８０.４９１３
ＬＦ２４７２１.４８０２０.５０５５０.３２４４０.７４０７０.６６９５
平均值Ｍｅａｎ２.３３３３１.９５７４０.７０８５０.４６８３０.７２２６０.５２２８

是枫香ＥＳＴ￣ＳＳＲ的重要分布特征ꎬ其重复基元分次数的增多而增加(刘佳奇等ꎬ２０２０)ꎬ而枫香主要
布类型与大花四照花(Ｃｏｒｎｕｓｆｌｏｒｉｄａ) ( 刘佳奇等ꎬ 基元重复次数为５ ~ １２次ꎬ并且主要基元以短重复
２０２０ ) 和黄枝油杉 ( Ｋｅｔｅｌｅｅｒｉａｄａｖｉｄｉａｎａｖａｒ. 类型为主ꎬ该ＳＳＲ位点特征限制了枫香ＳＳＲ的潜
ｃａｌｃａｒｅａ)相似(石远婷等ꎬ２０２１)ꎮ 从整体来看ꎬ枫在多态性ꎮ 内在原因主要是转录组ＳＳＲ位点来自
香转录组中ＳＳＲ位点的数量和种类较为丰富ꎬ为序列相对保守的基因编码区ꎬ其多态性位点一般
枫香ＳＳＲ引物开发及后续研究提供了重要基础ꎮ 位于功能序列的微卫星重复片段上ꎬ从而导致转
３.２枫香ＥＳＴ￣ＳＳＲ位点开发效率录组ＳＳＲ多态性较低(杨世鹏等ꎬ ２０１８)ꎮ
本研究所设计的２６２对枫香ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物有３.３枫香ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物多态性及群体遗传分析有
效扩增率为５３. １％ꎬ 祁雅等 ( ２００４) 和魏利斌等效性评价
(２００８)研究指出的ꎬ所设计ＥＳＴ￣ＳＳＲ引物的有效衡量ＳＳＲ引物可用性及多态性丰富度可以采
扩增率应在６０％ ~ ９０％之间ꎮ 本研究有效扩增率用多态信息含量( ＰＩＣ)、观测等位基因数( Ｎａ) 及
较低的原因可能有以下三方面:第一ꎬ三至六碱基有效等位基因数(Ｎｅ)等参数ꎮ 在多态信息含量指
重复类型的ＳＳＲ位点占比较低(总计１９.４６％)ꎬ使数方面ꎬ孙荣喜(２０１７)开发的１４对枫香ＳＳＲ引物
得可供筛选的ＳＳＲ位点总量偏少ꎻ第二ꎬ部分引物中包括６个高度多态性位点、４个中度多态性位
设计不合理ꎬ实验中所用引物均根据二代测序结点、４个低度多态性位点ꎮ 与前两者的研究相比ꎬ
果所得ꎬ二代测序在拼接过程中可能会存在一些本研究开发的１８对枫香ＳＳＲ引物中ꎬ１０对为高度
错误ꎬ因而导致有效扩增率相对较低ꎻ第三ꎬ开发多态性位点ꎬ８对为中度多态性位点ꎬ多态信息含
的枫香ＳＳＲ引物多态性比率较低(１５.６４％)ꎮ 主量较高ꎮ 在等位基因数方面ꎬ孙荣喜(２０１７) 在全
要是由于ＳＳＲ的潜在多态性会随着ＳＳＲ基元重复国范围内开展的中国枫香树遗传多样性及谱系地

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