Page 57 - 《广西植物》2023年第11期
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１１ 期 李娟等: 桃叶珊瑚属植物的叶绿体基因组结构特征及系统发育分析 ２ ０ １ ７
表 ５ 桃叶珊瑚属 ６ 种植物叶绿体基因组中 绿体基因组ꎬ并进行了序列比较分析ꎬ结果显示 ６
散在重复序列的类型和数量 条序列高度相似ꎬ无论是基因组结构及大小ꎬ还是
Ｔａｂｌｅ ５ Ｔｙｐｅｓ ａｎｄ ｎｕｍｂｅｒｓ ｏｆ ｉｎｔｅｒｓｐｅｒｓｅｄ ｒｅｐｅａｔｓ 基因的含量及组成ꎬ皆是相对保守ꎮ 桃叶珊瑚属
ｉｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｓｉｘ Ａｕｃｕｂａ ｓｐｅｃｉｅｓ
叶绿体基因组拥有典型的环状四分体结构ꎬ６ 条序
散在重复序列的数量 列全长 １５７ ８９１ ~ １５８ ３２５ ｂｐꎬ６ 条序列均编码 １１４
Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｉｎｔｅｒｓｐｅｒｓｅｄ ｒｅｐｅａｔｓ 个基因ꎬ包括 ８０ 个蛋白质编码基因、３０ 个 ｔＲＮＡ 基
物种
正向 反向 互补 回文
Ｓｐｅｃｉｅｓ 因 以 及 ４ 个 ｒＲＮＡ 基 因ꎬ 总 ＧＣ 量 为 ３７.７％ ~
重复 重复 重复 重复 合计
Ｆｏｒｗａｒｄ Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ Ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ Ｔｏｔａｌ ３７.８％ꎮＬＳＣ、ＳＳＣ、ＩＲ 区的 ＧＣ 含量分别为 ３５.８％ ~
ｒｅｐｅａｔ ｒｅｐｅａｔ ｒｅｐｅａｔ ｒｅｐｅａｔ
３５.９％、３１.５％ ~ ３１.６％、４３.０％ ~ ４３.１％ꎬ与大多数
密花桃叶珊瑚 ２１ １ ０ ２０ ４２ 被子植物一样ꎬ桃叶珊瑚属叶绿体基因组的 ＩＲ 区
Ａ. ｃｏｎｆｅｒｔｉｆｌｏｒａ
相较于 ＬＳＣ 区和 ＳＳＣ 区都更为稳定ꎬ有着最高的
花叶青木 １８ １ ０ １８ ３７
Ａ. ｊａｐｏｎｉｃａ ＧＣ 含量ꎮ
ｖａｒ. ｖａｒｉｅｇａｔａ
密码子对于遗传信息的正确表达至关重要ꎬ
纤尾桃叶珊瑚 ２４ ２ ０ ２２ ４８
Ａ. ｆｉｌｉｃａｕｄａ 密码子的使用偏好在不同物种甚至某一物种内的
桃叶珊瑚 ２１ ２ １ ２０ ４４ 不同基因都具有特异性ꎬ这是由于基因与物种长
Ａ. ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ
期进化过程中选择、突变以及漂变等因素的综合
窄斑叶珊瑚 ２０ １ １ ２０ ４２
Ａ. ａｌｂｏｐｕｎｃｔｉｆｏｌｉａ 作用ꎬ亲缘关系越近或者生存环境越相似的物种
ｖａｒ. ａｎｇｕｓｔｕｌａ
越有可能采用相似的密码子选择策略( Ｒｏｍｅｒｏꎬ ｅｔ
峨眉桃叶珊瑚 ２９ １ ０ ２７ ５７
Ａ. ｏｍｅｉｅｎｓｉｓ ａｌ.ꎬ ２０００ꎻ Ｘｕꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１１)ꎬ通过比较密码子偏
好性差异可以推断基因是否受到不同程度的翻译
表 ６ 桃叶珊瑚属 ６ 种植物叶绿体基因组中 选择ꎬ对于探讨桃叶珊瑚属物种的进化模式有着
串联重复序列统计 重要的作 用ꎮ ６ 条 序 列 均 有 ５９ 个 同 义 密 码 子ꎬ
ＲＳＣＵ>１ 的高频密码子数均为 ２９ 个ꎬ其中ꎬ除了
Ｔａｂｌｅ ６ Ｔｏｔａｌ ｃｏｕｎｔｓ ｏｆ ｔａｎｄｅｍ ｒｅｐｅａｔｓ ｉｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ
ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｓｉｘ Ａｕｃｕｂａ ｓｐｅｃｉｅｓ ＵＵＧ 以 Ｇ 结尾之外ꎬ其余 ２８ 个高频密码子均以
Ａ / Ｕ 结尾ꎬ这表明桃叶珊瑚属叶绿体基因组的密
不同区域串联重复序列的数量
Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｔａｎｄｅｍ ｒｅｐｅａｔｓ 码子偏 好 以 Ａ / Ｕ 结 尾ꎻ在 ６ 条 序 列 中 共 筛 选 出
ｉｎ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｒｅｇｉｏｎｓ
物种 １００ 个最优密码子ꎬ包含 １２ 个共有最优密码子ꎬ分
Ｓｐｅｃｉｅｓ 大单 反向 小单 反向
拷贝 重复 拷贝 重复 合计 别 为 ＡＡＡ、 ＡＣＵ、 ＡＧＵ、 ＣＡＡ、 ＣＣＵ、 ＣＧＵ、 ＧＡＡ、
区 区 ｂ 区 区 ａ Ｔｏｔａｌ ＧＣＵ、ＧＧＵ、ＧＵＵ、ＵＣＵ、ＵＧＵꎬ均是以 Ａ / Ｕ 结尾ꎬ尤
ＬＳＣ ＩＲｂ ＳＳＣ ＩＲａ
其是以 Ｕ 结 尾 较 多ꎬ 这 与 双 子 叶 植 物 偏 好 使 用
密花桃叶珊瑚 ４ ５ ５ ６ ２０
Ａ. ｃｏｎｆｅｒｔｉｆｌｏｒａ Ａ / Ｕ 结 尾 密 码 子 的 研 究 结 果 一 致 ( Ｋａｗａｂｅ ＆
花叶青木 １１ ５ ３ ６ ２５ Ｍｉｙａｓｈｉｔａꎬ ２００３)ꎮ
Ａ. ｊａｐｏｎｉｃａ ｖａｒ. ｖａｒｉｅｇａｔａ 叶绿体重复序列的存在和丰富程度可增加生
纤尾桃叶珊瑚 ６ ７ ４ ７ ２４ 物种群遗传多样性ꎬ并且与多种系统发育信号有
Ａ. ｆｉｌｉｃａｕｄａ
关(Ａｄｅｙｅｍｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１)ꎬＳＳＲ 和重复序列在叶绿
桃叶珊瑚 ５ ５ ５ ６ ２１
Ａ. ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ 体基因组中广泛存在ꎬ具有丰富的多态性位点ꎬ易
窄斑叶珊瑚 ７ ６ ３ ６ ２２ 复制、遗传信息含量高等优点ꎬ在研究物种遗传多
Ａ. ａｌｂｏｐｕｎｃｔｉｆｏｌｉａ ｖａｒ.
ａｎｇｕｓｔｕｌａ 样性、亲缘关系、品种鉴定和标记辅助育种中具有
峨眉桃叶珊瑚 ４ ６ ５ ６ ２１ 较高的可靠性( Ａｄｅｙｅｍｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１ꎻ贾守宁等ꎬ
Ａ. ｏｍｅｉｅｎｓｉｓ
２０２３)ꎮ ６ 条叶绿体基因组序列共检测到 ４１２ 个
ＳＳＲ 位点ꎬＳＳＲ 的类型以单核苷酸 Ａ / Ｔ 重复为主
４ 讨论与结论 且主要位于 ＬＳＣ 区ꎻ ６ 条序列共检测到 ２７０ 条散
在重复序列以及 １３３ 条串联重复序列ꎮ 该属叶绿
４.１ 叶绿体基因组的结构特征 体基因组上的重复序列的功能还需进一步深入
本研究组装注释了桃叶珊瑚属 ６ 种植物的叶 研究ꎮ
