Page 31 - 《广西植物》2025年第4期
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４ 期 徐梦阳等: 南酸枣转录组特征分析及 ＳＳＲ 标记开发 ６ ４ ５
表 ２ 南酸枣转录组测序质量和数量
Ｔａｂｌｅ ２ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ｄａｔａ ｏｆ ｔｈｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｏｆ Ｃｈｏｅｒｏｓｐｏｎｄｉａｓ ａｘｉｌｌａｒｉｓ
样品名称 原始数据 有效数据 有效序列
Ｑ２０ (％) Ｑ３０ (％) ＧＣ (％)
Ｓａｍｐｌｅ ｎａｍｅ Ｒａｗ ｄａｔａ (Ｇ) Ｃｌｅａｎ ｄａｔａ (Ｇ) Ｃｌｅａｎ ｒｅａｄｓ
Ｆｅｍａｌｅ￣１ ６.６７ ６.６３ ４４ ３２９ ０３８ ９７.４２ ９２.６３ ４２.８１
Ｆｅｍａｌｅ￣２ ６.２７ ６.２３ ４１ ６７６ ５１０ ９６.６４ ９０.９７ ４２.６３
Ｆｅｍａｌｅ￣３ ６.０３ ６.０１ ４０ １２８ １０４ ９７.２８ ９２.１５ ４２.６４
Ｍａｌｅ￣１ ５.５３ ５.５０ ３６ ７７１ ３００ ９７.３０ ９２.２８ ４２.９８
Ｍａｌｅ￣２ ５.５０ ５.４７ ３６ ５４０ ８３０ ９６.９０ ９１.５２ ４２.９０
Ｍａｌｅ￣３ ５.６０ ５.５６ ３７ ２１４ ０１４ ９６.７９ ９１.２８ ４２.８８
度为 ２０１ ~ ５００ ｂｐ 的占 ３８.３８％ꎬ有１５ ４８２条ꎻ长度 基因ꎬ其中上调基因和下调基因分别有 １ ０５２ 个和
为 ５０１ ~ １ ０００ ｂｐ 的占２０.７５％ꎬ有 ８ ３７１ 条ꎻ长度为 ８９７ 个(图 １)ꎮ
１ ００１ ~ ２ ０００ ｂｐ 的占１７.６２％ꎬ有 ７ １０９ 条ꎻ长度大 ２.３ 转录组 ＳＳＲ 数量与分布
于 ２ ０００ ｂｐ 的占 ２３.２５％ꎬ有 ９ ３７９ 条ꎮ 使 用 ＭＩＳＡ 软 件 对 南 酸 枣 的 ４０ ３４１ 条
将组装后的 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 作为参考ꎬ统计每个样 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 序列进行检索后ꎬ共检测到 ５ ２５１ 个 ＳＳＲ
本中基因检测的情况( 表 ３)ꎮ ６ 个雌雄样品中共 位点ꎮ 这些 ＳＳＲ 位点分布在 ４ ５１１ 条 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 序
检测到 ４０ ３４１ 个基因ꎬ其中雌株可以比对总基因 列上ꎬＳＳＲ 的出现频率( 检测到的 ＳＳＲ 位点总数与
Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 序列总数之比) 为 １３.０２％ꎬ发生频率( 含
的比例在 ７２％以上ꎬ而雄株的比例只占 ７０％左右ꎮ
ＳＳＲ 位 点 的 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 数 与 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 序 列 总 数 之
表 ３ 南酸枣雌雄样品基因数量 比)为 １１.１８％ꎮ 在这些 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 序列中ꎬ含有单
Ｔａｂｌｅ ３ Ｇｅｎｅ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｍａｌｅ ａｎｄ ｆｅｍａｌｅ 个 ＳＳＲ 位点的有３ ８９２条ꎬ含有 ２ 个及以上 ＳＳＲ 位
ｓａｍｐｌｅｓ ｏｆ Ｃｈｏｅｒｏｓｐｏｎｄｉａｓ ａｘｉｌｌａｒｉｓ 点的有 ６１９ 条ꎬ含有复合 ＳＳＲ 位点的有 ３８６ 条ꎮ
此外ꎬ有 １８ 条 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 序列中复合 ＳＳＲ 位置出现
测序总基因
样品名称
Ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ ｔｏｔａｌ ｇｅｎｅｓ 重叠(表 ４)ꎮ
Ｓａｍｐｌｅ ｎａｍｅ
(占比 Ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ:％)
由表 ５ 可知ꎬ除单核苷酸重复外ꎬ二核苷酸重复
类型最为常见ꎬ占 ＳＳＲ 位点总数的 ４２.９３％ꎬ平均分
Ｆｅｍａｌｅ￣１ ３０ ４０２ (７５.３６％)
布距离为 ２３.４３ ｋｂꎻ其次是三核苷酸和四核苷酸重
Ｆｅｍａｌｅ￣２ ３０ ２５６ (７５.００％)
复类型ꎬ分别占 ３１.０６％和 １１.５２％ꎬ平均分布距离分
Ｆｅｍａｌｅ￣３ ２９ １６７ (７２.３０％)
别占 ３２.３８ ｋｂ 和 ８７.２８ ｋｂꎻ五核苷酸和六核苷酸重
Ｍａｌｅ￣１ ２８ ３５３ (７０.２８％)
复类型占比较小ꎬ分别为 ３.５２％和３.２８％ꎬ平均分布
Ｍａｌｅ￣２ ２８ ５３１ (７０.７２％)
距离分别为 ２８５.４４ ｋｂ 和 ３０７.０１ ｋｂꎮ 各种核苷酸重
Ｍａｌｅ￣３ ２８ ５３１ (７０.７２％) 复类型的平均分布距离存在较大差异ꎮ
在 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 序列中ꎬ二核苷酸重复出现频率
全部 Ａｌｌ ４０ ３４１ (１００.００％)
最高ꎬ 达 到 ５. ５９％ꎬ 其 次 是 三 核 苷 酸 重 复ꎬ 为
４.０４％ꎻ四核苷酸、五核苷和六核苷酸重复类型的
２.２ 差异基因表达分析 出现频率较低ꎬ分别为 １.５０％、０.４６％和 ０.４３％ꎻ复
采用以 ｌｏｇ (ＦＰＫＭ ＋ １)值为基础的聚类分析
１０ 合型核苷酸和位置有重叠的复合型核苷酸重复的
方法ꎬ利用转录组测序结果进行表达量分析ꎮ 将 ６ 占比(７.３５％、０.３４％)与出现频率(０.９６％、０.０４％)
个样 品 按 雌 雄 分 为 两 组ꎬ 以 错 误 发 现 率 Ｐ 值 均较低(表 ５)ꎮ
(Ｐ ｖａｌｕｅ) < ０. ０５ 和 差 异 倍 数 的 对 数 的 绝 对 值 ＳＳＲ 位点序列长度总长为 １１７ １３４.８７ ｂｐꎬ其中
｜ ｌｏｇ ＦｏｌｄＣｈａｎｇｅ ｜ >１ 为筛选标准在南酸枣雌株和 二核苷酸重复类型的 ＳＳＲ 长度最长ꎬ为４１ ２４８.２０
２
雄株叶片组间对比ꎬ最终筛选到 １ ９４９ 个差异表达 ｂｐꎬ其次是三核苷酸重复类型(２９ ４７２.１７ ｂｐ)ꎬ四核
