Page 29 - 《广西植物》2025年第4期

４ 期 徐梦阳等: 南酸枣转录组特征分析及 ＳＳＲ 标记开发 ６ ４ ３

价、品种鉴定、遗传图谱构建、ＱＴＬ 定位、濒危物种 物ꎬ以期为其遗传多样性评价、雌雄性别标记开发
保 护 等 领 域 ( Ｋｕｒｏｄａ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００６ꎻ 阎 毛 毛 等ꎬ 及指纹图谱构建等研究奠定基础ꎮ
２０１１)ꎮ 通过不同分子标记检测物种多态性位点
时ꎬＳＳＲ 位点所提供的多态性通常远高于其他分 １ 材料与方法
子标记ꎬ可以更好地反映种群间和种群内的遗传
分化和亚分化ꎬ提供更准确的物种进化信息ꎮ 与 １.１ 试验材料
其他分子标记相比ꎬＳＳＲ 位点通常提供更高的多 转录组测序材料采自江西农业大学南酸枣种

态性ꎬ更准确地反映种群间和种群内的遗传分化ꎮ 质资源 圃ꎬ 选 取 １０ 年 生 ( 雌 雄 无 性 系 各 ３ 株:
例如ꎬ郭晋宏等(２０１９) 通过 ＳＳＲ 分析山西晋南漆 Ｆｅｍａｌｅ￣１、Ｆｅｍａｌｅ￣２、Ｆｅｍａｌｅ￣３、Ｍａｌｅ￣１、Ｍａｌｅ￣２、Ｍａｌｅ￣
树(Ｔｏｘｉｃｏｄｅｎｄｒｏｎ ｖｅｒｎｉｃｉｆｌｕｕｍ)群体ꎬ发现其群体内 ３)南酸枣新鲜叶片经液氮速冻后ꎬ干冰保存送至

遗传多样性丰富ꎬ遗传变异主要集中在群体内部ꎻ 检测 公 司 进 行 转 录 组 测 序ꎮ 采 集 江 西 崇 义
任重等(２０２２)基于 ＳＳＲ 分子标记研究了中国黄连 (ＪＸＣＹ)、贵州江口( ＧＺＪＫ)、湖南桑植( ＨＮＳＺ)、云
木( Ｐｉｓｔａｃｉａ ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ) 的遗传多样性ꎬ发现其具有 南芒 市 ( ＹＮＭＳ)、 广 西 平 南 ( ＧＸＰＮ)、 湖 北 赤 壁
中等偏下的遗传分化ꎬ遗传分化主要集中在群体 (ＨＢＣＢ )、 安 徽 祁 门 ( ＡＨＱＭ ) 和 重 庆 沙 坪 坝
内部ꎬ划分为两个主要群体ꎮ 南酸枣的分子生物 (ＣＱＳＰＢ)８ 个群体各 １ 个样品作为引物筛选样品ꎮ
研究因起步较晚而缺乏基因组和相关序列信息ꎮ 引物多态性验证所用试验材料取自 ３ 个省(区) 的
本研究利用南酸枣雌雄叶片的转录组数据ꎬ分析 ８５ 份样品(表 １)ꎮ 所有南酸枣样本采其健康无病
南酸枣雌雄表达差异ꎬ以及其转录组 ＳＳＲ 位点的 虫害嫩叶ꎬ经过硅胶迅速干燥之后保存用于 ＤＮＡ
分布及序列特征ꎬ并在此基础上开发 ＳＳＲ 标记引 提取ꎬ最后进行引物筛选及多态性验证ꎮ

表 １ ９ 个南酸枣群体采样信息
Ｔａｂｌｅ １ Ｓａｍｐｌｉｎｇ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｎｉｎｅ Ｃｈｏｅｒｏｓｐｏｎｄｉａｓ ａｘｉｌｌａｒｉｓ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ
群体编号 采样地 样品数量 经度 纬度
Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｃｏｄｅ Ｓａｍｐｌｉｎｇ ｌｏｃａｔｉｏｎ Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｓａｍｐｌｅｓ Ｌｏｎｇｉｔｕｄｅ Ｌａｔｉｔｕｄｅ
ＨＮＴＹ 湖南桃源 Ｔａｏｙｕａｎꎬ Ｈｕｎａｎ １０ １１１°３０′００″ Ｅ ２８°５４′３６″ Ｎ
ＨＮＹＳ 湖南永顺 Ｙｏｎｇｓｈｕｎꎬ Ｈｕｎａｎ １０ １０９°５１′３６″ Ｅ ２８°５９′２４″ Ｎ

ＨＮＸＴ 湖南湘潭 Ｘｉａｎｇｔａｎꎬ Ｈｕｎａｎ ７ １１２°５７′３６″ Ｅ ２７°４６′４８″ Ｎ
ＨＢＣＹ 湖北崇阳 Ｃｈｏｎｇｙａｎｇꎬ Ｈｕｂｅｉ １０ １１４°０３′００″ Ｅ ２９°３３′３６″ Ｎ
ＨＢＸＡ 湖北咸安 Ｘｉａｎ’ａｎꎬ Ｈｕｂｅｉ １０ １１４°１６′４８″ Ｅ ２９°５２′１２″ Ｎ

ＨＢＣＢ 湖北赤壁 Ｃｈｉｂｉꎬ Ｈｕｂｅｉ ９ １１３°５４′３６″ Ｅ ２９°４３′４８″ Ｎ
ＧＸＺＳ 广西钟山 Ｚｈｏｎｇｓｈａｎꎬ Ｇｕａｎｇｘｉ ９ １１１°１８′３６″ Ｅ ２４°３１′４８″ Ｎ
ＧＸＣＷ 广西苍梧 Ｃａｎｇｗｕꎬ Ｇｕａｎｇｘｉ ８ １１１°３３′３６″ Ｅ ２３°５１′００″ Ｎ

ＧＸＰＮ 广西平南 Ｐｉｎｇｎａｎꎬ Ｇｕａｎｇｘｉ １２ １１０°２４′００″ Ｅ ２３°３３′００″ Ｎ

１.２ 试验方法 的有效序列 ( ｃｌｅａｎ ｒｅａｄｓ) 与参考序列比对ꎬ 得到
１.２.１ 转录组组装及分析 对高通量测序获得的原 ｒｅａｄ ｃｏｕｎｔꎮ 将 ｒｅａｄ ｃｏｕｎｔ 转换为 ＦＰＫＭ (Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ
始数据(ｒａｗ ｄａｔａ) 进行过滤ꎬ获得高质量的有效数 Ｐｅｒ Ｋｉｌｏｂａｓｅ Ｍｉｌｌｉｏｎ)ꎬ得到基因的表达水平ꎮ

据(ｃｌｅａｎ ｄａｔａ)ꎮ 利用 Ｔｒｉｎｉｔｙ 软件(Ｇｒａｂｈｅｒｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ １.２.２ ＳＳＲ 位点挖掘与引物设计 使用 ＭＩＳＡ 软件
２０１１)对过滤后的高质量数据进行无参基因组组 (ｈｔｔｐ: / / ｐｇｒｃ.ｉｐｋ￣ｇａｔｅｒｓｌｅｂｅｎ. ｄｅ / ｍｉｓａ / ｍｉｓａ. ｈｔｍｌ) 对
装ꎬ获得转录本信息(ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ)及 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 序列信 组装后的 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 进行搜索ꎬ寻找 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 中的
息ꎮ 以拼接得到的 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 作为参考序列ꎬ将样品 ＳＳＲ 位点ꎬ设置单核苷酸至六核苷酸重复参数分